El principal objetivo de esta área es definir, tanto en las aguas naturales como en las reutilizadas, las concentraciones, el destino y los mecanismos de acción de los elementos contaminantes y de los patógenos. Se usan los métodos analíticos más modernos, tanto químicos, microbiológicos y ecotoxicológicos, a fin de evaluar la calidad del agua y examinar las características de las aguas superficiales, aguas subterráneas y aguas tratadas, estas últimas incluyendo el agua potable y la reutilizada. La diagnosis del riesgo debido a la presencia de contaminantes en el agua se determina a través del análisis del impacto ambiental de los componentes orgánicos en las masas de agua. Son también objetivos de esta área estudiar la presencia, diversidad y actividad microbiana en los ambientes acuáticos.