El principal objectiu d’aquesta àrea és definir les concentracions, el destí i els mecanismes d'acció dels contaminants químics i els patògens transmesos per l'aigua, tant al medi aquàtic natural com als sistemes urbans (tractament d'aigua potable, tractament d'aigües residuals i sistemes de reutilització). Per fer-ho, apliquem mètodes analítics químics i microbiològics d'avantguarda per avaluar la qualitat i les característiques de les aigües superficials, les aigües subterrànies i les aigües tractades, incloent-hi tant les fonts d'aigua potable com les aigües residuals. Els efectes dels contaminants químics i microbiològics s'avaluen des de la perspectiva ”Una salut”, que reconeix la connectivitat dels éssers humans, els animals i el medi ambient.