Pandemies20_virWASTE

WASTEwater as en source of knowledge on SARS-CoV-2 and other potentially

La pandemia de la COVID-19 ha puesto de relieve la importancia de tener estrategias óptimas para hacer frente a las crisis sanitarias y sociales a tiempo. La efectividad de las medidas de mitigación depende significativamente de la toma de decisiones basada en la ciencia, donde los factores clave son la rápida identificación de los brotes y las personas infectadas para limitar la propagación de la enfermedad. Además, el origen zoonótico de la actual pandemia de la COVID-19 debe servir como llamamiento para trabajar conjuntamente bajo un enfoque de Una Salut.

Desde los primeros informes de excreción de SARS-CoV-2 en heces, la vigilancia de aguas residuales se ha convertido en una herramienta potencial para monitorizar los brotes actuales y futuros de la COVID-19 en el marco de la epidemiología basada en aguas residuales (WBE, por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas preguntas quedan sin respuesta antes de que la WBE pueda ser plenamente implementada como herramienta fiable de alerta precoz. Uno de los objetivos de VIRWASTE es responder a estas preguntas. Los datos históricos obtenidos durante la vigilancia de 10 plantas de tratamiento de aguas residuales (WWTPs) de diferentes tamaños distribuidos en Cataluña para la detección de la presencia de SARS-CoV-2 (de marzo a diciembre de 2020) se utilizarán para construir un modelo epidemiológico que permita una estimación fiable del número real de casos a partir de las concentraciones de SARS-CoV-2 en las aguas residuales. Para alimentar y refinar este modelo, VIRWASTE planea analizar: 1) muestras fecales de pacientes con COVID-19 para determinar las tasas de excreción; 2) aguas residuales de hospitales con un número registrado de pacientes con COVID-19 para utilizar como referencia; y 3) dinámica de SARS-CoV-2 en aguas residuales de laboratorio ya escala real. A continuación, el modelo será validado después de la selección semiautomática de lugares de extracción en redes de aguas residuales a escala de vecindario para determinar si la abundancia de SARS-CoV-2 en las aguas residuales es un predictor fiable de los casos de COVID-19 en todos los tamaños de población. Las aguas residuales pueden ser también una herramienta útil para estudiar la diversidad viral y buscar nuevas especies virales utilizando técnicas de metagenómica de vanguardia. VIRWASTE utilizará secuenciación metagenómica dirigida y no dirigida, así como secuenciación profunda de amplicones para descubrir el viroma de las aguas residuales y describir la diversidad de las cepas circulantes de SARS-CoV-2, así como de otros coronavirus humanos (CoV) y familias virales con potencial pandémico. Las aguas residuales de los mataderos se utilizarán para estudiar la excreción potencial de CoV y de otros virus potencialmente zoonóticos por parte del ganado (ovino, vacuno, porcino, aves de corral). Además, y asumiendo que el análisis evolutivo sugiere que el SARS-CoV-2 surgió de una línea de CoV presente en murciélagos antes de saltar a los humanos a través de un huésped animal intermediario desconocido, VIRWASTE analizará muestras fecales de murciélagos y pequeños mamíferos de nuestra área geográfica para buscar la presencia de parientes filogenéticos de SARS-CoV-2 y otras familias virales con potencial pandémico. Por último, tenemos previsto integrar los datos del proyecto en un Observatorio Digital para la vigilancia de SARS-CoV-2 en aguas residuales. Conscientes de que las autoridades sanitarias tendrán que gestionar nuevos patógenos y amenazas emergentes en los próximos años, las herramientas desarrolladas por VIRWASTE ayudarán en el proceso de toma de decisiones para hacer frente a pandemias actuales y futuras. El consorcio del proyecto está formado por la UB (coordinador), ICRA, EURECAT y UdG.