Carlos es ecólogo microbiano con una dilatada experiencia en el estudio de las comunidades microbianas de aguas continentales utilizando técnicas moleculares. Es responsable del grupo de “Microbiología del Agua” en ICRA e investiga el efecto de la contaminación antropogénica en la diversidad y diseminación de resistencias a antibióticos en aguas superficiales, redes de alcantarillado y estaciones depuradoras de aguas residuales. Ha sido IP en 9 proyectos de investigación (7 nacionales) e investigador en otros 14 proyectos. Es autor de 104 publicaciones en revistas SCI y 7 capítulos de libros (total de citas: 4.564, índice h: 37). El Miembro de la comisión de expertos encargada de la preparación del Plan de Acción Nacional sobre Resistencia a Antibióticos (PRAN 2022-2024) y miembro del equipo de coordinación del programa de vigilancia del SARS-CoV-2 en aguas residuales de Cataluña (SARSAIGUA ).