Los objetivos generales son posicionarnos como centro de investigación de referencia en el área Mediterránea en cuanto a los efectos del cambio global (recientes y futuros) en el funcionamiento de los ecosistemas fluviales, y desarrollar una investigación de carácter transversal a nivel de red fluvial en el que se consideren todos los ambientes acuáticos, así como su interacción con el medio terrestre. Específicamente, hay 3 líneas de investigación dentro de AI3: i) estudio del efecto de las alteraciones de caudal y temperatura en los flujos de Carbono en sistemas fluviales; ii) estudio de los efectos de los caudales bajos (sequía hidrológica) en el funcionamiento de los biofilms fluviales y en los ciclos biogeoquímicos; iii) estudio de los servicios ecosistémicos.