Esta línea de investigación investiga los efectos del cambio climático y global sobre la biodiversidad y el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos, especialmente los fluviales. Entre los factores que con mayor frecuencia impactan los ecosistemas mediterráneos se encuentran las alteraciones del caudal por causas climáticas y humanas, y la presencia de contaminantes, que afectan la composición de las comunidades microbianas, así como sus patrones de distribución y funciones ecológicas. Es de máximo interés entender cómo las situaciones en que los factores de estrés coocurren en los ecosistemas de agua dulce pueden afectar la conservación y el funcionamiento de estos ecosistemas.