Els objectius generals són posicionar-nos com a centre de recerca de referència dins l’àrea Mediterrània en quan a els efectes del canvi global (recents i futurs) en el funcionament dels ecosistemes fluvials, i desenvolupar una recerca de caire transversal a nivell de xarxa fluvial en que es considerin tots els ambients aquàtics, així com la seva interacció amb el medi terrestre. Específicament, hi ha 3 línies de recerca dins d’AI3: i) estudi de l’efecte de les alteracions de cabal i temperatura en els fluxes de Carboni en sistemes fluvials; ii) estudi dels efectes dels cabals baixos (sequera hidrològica) en el funcionament dels biofilms fluvials i en els cicles biogeoquímics; iii) estudi dels serveis ecosistèmics.