Aquesta línia de recerca investiga els efectes del canvi climàtic i global sobre la biodiversitat i el funcionament dels ecosistemes aquàtics, especialment els fluvials. Entre els factors que més freqüentment impacten els ecosistemes mediterranis s’hi compta les alteracions de cabal per causes climàtiques i humanes, i la presència de contaminants, que afecten la composició de les comunitats microbianes, així com els seus patrons de distribució i funcions ecològiques. Es motiu de màxim interès entendre com les situacions en que els factors d’estrès co-ocorren als ecosistemes d’aigua dolça, poden afectar la conservació i el funcionament dels ecosistemes d’aigua dolça.