La investigación en la línea de Procesos hidrológicos y recursos hídricos se centra en la disponibilidad del recurso hídrico —o más bien, en su escasez— en las condiciones actuales y en los escenarios climáticos futuros, considerando tanto las necesidades de abastecimiento como las de los ecosistemas. Los estudios se dirigen a la disponibilidad y calidad de los recursos de aguas subterráneas. En los aspectos cualitativos, se abordan casos concretos de contaminación por nitratos y por contaminantes emergentes de distintos orígenes, con el objetivo de comprender los procesos de transporte en el subsuelo y aportar criterios para la mitigación de la contaminación y la preservación de la calidad del recurso.