Maria José Farré investiga el tractament de l’aigua amb un enfocament en salut pública, enginyeria civil i ambiental i química analítica. Actualment, coordina el projecte Horizon Europe intoDBP (4 M€). Ha publicat 66 publicacions científiques, incloses 57 publicacions ISI revisades per parells, 1 editorial, 6 capítols de llibres i 2 informes comercials; en total ~2000 cites, índex h = 26 (Scopus). La seva recerca té un enfocament multidisciplinari per a resoldre preguntes de recerca en les següents àrees: • Salut pública i carcinògens emergents: La desinfecció de l’aigua genera subproductes de desinfecció no desitjats (DBPs), molècules orgàniques tòxiques que sovint contenen halògens, nitrogen o tots dos. La seva carrera s’ha centrat en comprendre com es formen els DBP en diferents règims de desinfecció aplicables als sistemes d’aigua potable, recuperada i residual. • Efecte del Canvi Global en la Qualitat de l’Aigua Potable i Reciclada per a entendre i predir els efectes del canvi global, associats als impactes humans sobre el clima i el territori, i definir estratègies per a mitigar-los i garantir aigua potable a la població. Aquests efectes estudiats inclouen escassetat d’aigua, augment de la salinitat en els aqüífers, eutrofització i esdeveniments extrems. • Tecnologies de tractament d’aigua dissenyant i avaluant nous enfocaments de tractament per a reduir la formació de DBPs. La seva recerca ha determinat el destí dels DBPs i les seves molècules precursores a través de tractaments apropiats com a membranes, adsorbents i processos d’oxidació. • Química Analítica Avançada i pronòstic de formació de DBPs via el desenvolupament de mètodes per a predir la formació de DBPs a partir de la petjada molecular de matèria orgànica dissolta mesura amb espectrometria de masses d’alta resolució. Aquest mètode avalua la qualitat de l’aigua de manera integral i ofereix àmplies oportunitats per a avaluar processos ambientals i d’enginyeria. També té un valor comercial potencial reconegut.